[FATUM]

Вопрос: как долго осуществляется отправка программы обратно врагу?

Смотря какая атака и каково Ваше состояние и состояния ваших врагов - но как правило от нескольких часов до нескольких дней.

Нужно ли усилять защиту чем то еще при атаке или дать ей поработать?

диагностика и интуиция Вам в помощь, но ББ только мощнее становится от нападений на оператора.

Справится ли шахтер 2 со свежей атакой?

Если он уже работает и сверху стоит ББ, то ему и не надо справлятся.

Но сегодня диагностика показала, что программу надо оставить. Видимо это связано с атакой? 

Нет. Это связанно с негативом который шахтер пласт за пластом находит и снимает.